Sejarah Kecamatan Moti tidak dapat dipisahkan dari sejarah Pulau Moti, yang pada tahun 1322 menjadi saksi Perjanjian Moti (Moti Verbond) antara empat kerajaan di Maluku Utara. Perjanjian ini penting bagi perdagangan dan standarisasi pemerintahan di wilayah tersebut. Pulau Moti kemudian berkembang sebagai wilayah pertanian dan nelayan, dan saat ini menjadi bagian dari administrasi Kota Ternate sebagai Kecamatan Moti yang terletak di sebelah barat Pulau Halmahera.